Il boia Folco sceglie il giovane Baino come nuovo aiutante, sostituto del figlio morto. Dovranno eseguire due condanne: per stregoneria e per uxoricidio, rispettivamente annegando e squartando i colpevoli.
Durante la quaresima, frate Agnello del convento Madonna della Neve compie un giro dei monasteri della pentapoli per compilare un annuario dei monaci e delle monache morte durante l'inverno.
Il signore Gomario Grifone è giunto alla fine dei suoi giorni. Accompagnato dai figli e dall'ultima amante, viene trasportato verso il Monastero della Vestizione. Prometterà al figlio prediletto di mandargli un segno dall'aldilà.
Margherita della Conca di Montefiore è una quattordicenne che viene mandata suora al Monastero della Vestizione in cambio di dieci anni di diritti di pesca e dazio nella zona. Dovrebbe dimenticare il passato e concentrarsi sulla vita ritirata del monastero, ma il ricordo di casa resterà vivo in lei.
Roza, concubina di Ugo di Provenza, è vicina al parto. Vuole un maschio per dare un erede al re: per questo sceglie di partorire al Monastero della Vestizione, dove è conservato il vestito della Madonna, protezione delle partorienti.

La filmografia di Pupi Avati, densissima, come quella ogni grande autore gira intorno a temi/ossessioni ricorrenti: su tutti, l'amarcord, il malinconico abbandono verso il passato, la descrizione dei paesaggi e delle figure della provincia dove è più forte l'interiorità, quella dimensione personale autentica e sincera. e declinati in quest'ottica, nel cinema di Avati figurano la vita, l'amore e la morte.
Malinconia, orrore e fede.
Dice della morte Pupi Avati: “Mi ricordo che una volta, quando ero piccolo, pensavo che la morte fosse qualcosa di temporaneo. Avevo un'idea comodissima della morte. Quando morì mio padre –avevo dodici anni- pensavo che la morte fosse una malattia, una cosa che sì, durava moltissimo, però c'era una fine, c'era un punto in cui finiva. Diventando un po' meno bimbo mi sono accorto che la morte durava per sempre: uno che muore non lo vedi più, vuol dire per sempre. Questa è un'idea così insopportabile, così poco umana, così poco accettabile che non è possibile che una persona si rassegni, non cerchi delle ragioni, non cerchi qualcosa che vada al di là. Le mie fantasticherie riguardavano tutte le morte. In quest'ambito, credo che la cosa più spaventevole siano i fantasmi, le presenze malvagie, che infatti ho sempre temuto molto. I “miei” fantasmi non erano mia sereni, non erano quelli spiriti burloni e in fondo benevoli di cui, ad esempio, parla Wilde nel Canterville. No, nei fantasmi che m'immaginavo io c'erano sempre lamenti, strazio, gemiti, voci…”
L'altro caposaldo attorno a cui ruota l'universo poetico di Pupi Avati è la religione e l'Aldilà, strettamente connesso con la morte. Il progetto del film Magnificat inizia a sedimentarsi dentro di lui fin da quando ha il suo primo infarto; esiste un luogo dove saremo realmente considerati per quello che abbiamo fatto di buono o di malvagio nella nostra vita terrena? Esiste davvero un Dio che ci restituisca infallibilmente ciò che abbiamo dato, che ci ricompensi delle nostre sconfitte, che ci premi in qualche modo? Avati prega di sì: prega semplicemente Dio di esistere. Che ci giudichi o meno, che ci prenda o ci tolga, è superfluo: è sufficiente che esista, e che la religione non si riveli puro artificio, che ridurrebbe perciò la nostra esistenza solo ad una parentesi terrena, la cui riuscita dipende soltanto dalla fortuna di nascere in un'epoca o in un'altra. Come nel Medioevo. Dice il regista del suo film: “Sono risalito a mille anni fa per trovare un'epoca in cui la fede era fondamentale per riempire quel silenzio di Dio che era allora identico a quello che è oggi. […] Era tale e tanta la necessità di trovare un interlocutore che trascendesse le cose e gli uomini per dare un senso ad una vita così grama e bestiale, per trovare un modo di vivere e sperare.”
Con Magnificat, uscito nel 1993, arriva ad affrontare il lato oscuro dell'animo umano, il più insondabile. La storia si svolge alla fine del decimo secolo, nell'anno 926, in una zona indefinita della Pentapoli. Durante la settimana santa di Pasqua, una serie di personaggi, ognuno per motivi differenti, si recano a Malfole, dove sorge il Monastero e l'Abbazia della Visitazione. In qualche modo le loro vicende si intrecceranno o si sfioreranno, venendosi a comporre in un tema comune che riguarda l'intima, ma umana, domanda sull'esistenza dell'Aldilà. Ognuno dei protagonisti chiederà la prova dell'esistenza di Dio, ma nessuno di loro, per ragioni diverse, riuscirà davvero ad averla. La prova giungerà quando ognuno avrà smesso di attendere, ritrovandosi immerso nella misteriosa solitudine che circonda l'intera umanità.
Magnificat non è un film storico: ma un film che esprime, attraverso uomini del Medioevo, ai quali la miseria e il terrore non lasciavano altro che la speranza per la resurrezione, un senso di sgomento quanto mai attuale. In quell'epoca storica la morte annuiva l'esistenza dell'individuo assai più che in altri momenti della storia umana; ecco probabilmente la ragione per cui ogni mistero, ogni possibilità di fascino se non latro come promessa della vita eterna, in Magnificat non esistono più. Dopo la morte, che colpisce alla cieca, c'è il vuoto, dove ognuno troverà ciò che crede di trovare: tutto, o nulla. Vano è sperare in un segno dell'Aldilà che ci conforti. La fede incondizionata, non resta altro, e per chi non ha abbastanza forza per crederci totalmente, comincia il dramma più oscuro, perché non potrà concludersi che con la morte. Il tema della morte e del segno divino ha un aggancio autobiografico di toccante leggerezza.
Tra i protagonisti del film, piccolo gioiello misconosciuto, figura Ferdinando Orlandi, uno degli interpreti avatiani più fedeli, scomparso nel 1991. “Prima di morire” racconta Avati “mi diceva: guarda che se muoio prima io ti verrò a dare un segno. E mi fece la promessa della gente di campagna prossima a morire: di tornare a dare un segno, a tirare i piedi di notte, di far qualcosa per provare l'esistenza dell'Aldilà. E quella risposta che nessuno ha e che nessuno mai ebbe, e che nemmeno Orlandi è riuscito a darmi, magari arriverò quando non l'attenderò più.”